Windows10 では、今までの外字の領域に何か記号が重なってきているため従来作成した外字が使えない - Microsoft コミュニティ

同じ疑問を持っている人が 2人、コメントしている Microsoft Support の人は現象を把握していないらしい。
Windows 10 バージョン 1511 (OS ビルド 10586.36)
Microsoft Office Professional 2013 バージョン: 15.0.4779.1002
Koin 変体仮名フリー版 (インストールしていなくても現象は出る)
の環境で IME パッド シフト JIS 外字には記号表示

Koin 変体仮名フリー版をインストールしている PC のみ MS 明朝だけ記号は表示されない。

Eudc.* が存在しないときの外字エディターのコードの選択画面

IME パッドで表示される記号は表示されない。

ストアアプリの OneNote

F051 - F053 に外字登録

IME パッドに表示される記号は上書きされる。

ストアアプリの OneNote

Office の OneNote 2013 は影響を受けない模様

追記
「メール」の返信画面