Adobe Reader 9.3

Security updates available for Adobe Reader and Acrobat - Adobe Security bulletin

Adobe Reader 9.2 の「ヘルプ」→「アップデートの有無をチェック」から9.3.0にアップデートした場合は「Acrobat JavaScript を使用」のチェックは外れたままなのでそのまま使用。
JavaScript 実行時の動作に関する変更点（Windows 版 Acrobat/Adobe Reader 8-9）- Adobe TechNote

「JavaScript は現在無効になっていますが、この文書は一部の機能でそれを使用しています。JavaScript を有効にすると、セキュリティ上の問題が発生する可能性があります。」

メッセージ出すんだから、デフォルトで「Acrobat JavaScript を使用」のチェックを外してくれればいいのに。